El cantón está excelentemente drenado por numerosos ríos, quebradas y arroyos. El encargado de entregar todas estas aguas al mar es el río Grande de Térraba, el más caudaloso y largo de la vertiente del Pacífico Sur.
Sus tributarios principales, son el río General y el Coto Brus. El primero es producto de la confluencia de los ríos Buena Vista y Chirripó, que se originan en los cerros de iguales nombres y se juntan a unos 600 metros de altitud y un poco hacia el norte de la ciudad de San Isidro de Pérez Zeled6n. A lo largo de su curso recibe muchos afluentes nacidos unos en la Gran Cordillera, y otros en la Brunkeña.
El sistema hidrográfico del Cantón llega casi al centenar de cuerpo de agua. La ciudad de Buenos Aires está abundantemente regada por quebrados y ríos. El colector principal es el Ceibo, que corre al norte y oeste del poblado y fertiliza una enorme región. Surge en las estribaciones de la Gran Cordillera, en los cerros al norte de Ujarrás. Algunos de los ríos del cantón son: El Ceibo, Convento, Cañas, Volcán, Sonador, Platanares, López, San Carlos, El Río Grande de Térraba, entre otros.
